Nach über 40 Jahren war es an der Zeit, dass eine grundlegende Sanierung des Clubhauses notwendig war. Der Schankbereich mit Küche und der Nebenraum wurden vollkommen neu gestaltet und eingerichtet. Aber auch das Dach musste komplett neu saniert werden, so dass sich der Verein doch erheblich verschulden musste. Viele unermüdliche Helfer waren 1997 unter der Regie von Manfred Kieslinger und Dieter Selig mehrere Wochen und Monate beschäftigt, bis die Renovierung abgeschlossen und der Umbau gebührend gefeiert werden konnte.
Sportlich lief es nach dem direkten Wiederaufstieg in der Landesliga in der Saison 1998/99 alles andere als rosig. Trainer Georg Krammerbauer warf noch in der Vorrunde das Handtuch und wurde im November 1998 durch Jürgen Schwager ersetzt. Trotzdem stieg die Mannschaft aus der Landesliga ab und verabschiedete sich damit für sehr lange Zeit aus der überregionalen Fußballszene.
Nach insgesamt neun Jahren beendete Helmut Mornhinweg im Frühjahr 1999 die Vorstandschaft beim TuS Ellmendingen. Unter seiner Regie erlebte der TuS sportlich wohl die erfolgreichste Zeit. Außerdem konnten viele Vorhaben wie der Clubhausumbau und das 100-jährige Jubiläum des Gesamtvereins realisiert und gefeiert werden. Er machte Platz für Manfred Dengler, der mit einer neu formierten Verwaltung die nächsten Jahre beim TuS prägte und gestaltete. Ihm zur Seite wurden Manfred Kieslinger als 2. Vorstand und Klaus-J. Kohtz als 3. Vorstand und Jugendleiter (seit 1992) gewählt.
Insgesamt 79 Jahre nach der Fusion mit dem TuS verließ die Radsportabteilung die Turn- und Sportvereinigung und machte sich unter dem Namen RSC Schwalbe Ellmendingen selbstständig. Der Antrag der Radsportabteilung zur Trennung resultierte aufgrund verschiedener technischer und organisatorischen Punkte, die aufgrund der Größe der Radsportabteilung notwendig wurden. Eine Verstimmung zwischen den beiden Abteilungen lag keineswegs vor, Harmonie und Kooperation wurden vereinbart.
In den nächsten Jahren konnte sich der TuS in der Bezirksliga halten, musste aber in der Saison 2001/02 den bitteren Gang in die A-Klasse antreten, nachdem Frank Krämer im Frühjahr 2001 Jürgen Schwager als Trainer abgelöst hatte. Unter der Leitung von Rudi Schroth und Helmut Mornhinweg konnte ein wunderschönes neues Kassenhäuschen erstellt und seiner Bestimmung übergeben werden.
Die nachfolgenden Jahre waren dadurch geprägt, mit Eigengewächsen aus der Jugend und einigen talentierten Neuzugängen in der A-Klasse eine gute Rolle zu spielen. Das Trainergespann Lutz Elsässer und Anthony Lutz hatte jedoch einen schweren Stand. Zu groß war der Aderlass altgedienter TuS-Spieler wie Volker Diebold, Andreas Diebold, Jochen Marten, Jörg Herb oder Stefan Schick und Michael Lindauer gewesen. Vorzeitig mussten die Trainer Elsässer und Lutz gehen und die Mannschaft wurde interimshalber durch Jochen Marten und Andreas Schroth trainiert. In der Saison 2004/05 konnte man dem Abstieg aus der A-Klasse gerade noch entgehen.
20 Jahre nach dem überraschenden Aufstieg in die Landesliga 1984 wurde unter der Regie von Meistertrainer Ernst Beck und Spielausschuss Andreas Schroth ein ganz besonderer Ausflug gestartet. Viele ehemalige Spieler, Verwaltungsmitglieder und Fans waren dabei und ließen den Tag zu einem unvergessenen Erlebnis werden.
